為更好地促進深圳市及其周邊地區的經濟建設、社會發展和教育水平的提高，1999年9月深圳市政府與我國大陸及香港地區的多所名牌大學合作，創建了“深圳虛擬大學園”。我院和北京大學、清華大學、中國科學院、中國工程院、中國科技大學、上海交通大學、哈爾濱工業大學、中國人民大學、南開大學、香港科技大學等43所名校先后成為該大學園成員。“深圳無名校，名校在深圳”。

“深圳虛擬大學園”的建立，為促進各名校在深圳進行學歷教育和非學歷教育、教學實踐活動特別是研究生的課題研究及科技成果的產業化，提供了良好的機遇，并為入園各院校增加了直接交流、互相合作的機會，同時也為入園各院校開展國際合作、參與國際競爭提供了窗口。
2000年3月我院遵照李鐵映同志指示入駐“虛擬大學園”并于同年7月在深圳注冊成立“中國社會科學院研究生院深圳研究院”。該研究院作為我院駐深的常設機構和教學、研究基地，已在深圳及珠江三角洲地區開展各類人文社會科學高級人才的培養工作和有關科研課題的研究。
為了更好地開展工作和滿足我院粵港澳地區校友們的愿望，2001年5月經深圳市教育局批準，按深圳市民政局的有關規定，正式注冊成立“深圳市中國社會科學院研究生院校友會”。校友會的成立，對增強校友的凝聚力，擴大我院在深的影響起到了積極的作用。
入駐“深圳虛擬大學園”和設立“深圳研究院”，不僅拓展了我院人文社會科學各類高層次人才的培養規模，而且為我院在香港、澳門地區和臺灣省招收培養博士、碩士研究生創造了更加有利的條件。
自2000年以來，深圳研究院在深圳及珠江三角洲地區開展了各類人文社會科學高級人才的培養工作和有關科研課題的研究。舉辦多個專業碩士研究生課程進修班和高級研修班，為企事業單位舉辦“定單式培訓”，參與有關深圳市科研課題的研究及論證、評審工作，承接了深圳市政府高新技術產業園區課題《深圳虛擬大學園的發展研究》，并多次組織研究生院各系專家、教授赴深圳講學和考察。我院依托中國社會科學院專家、教授和校友會的資源優勢，在深和校友會聯合，先后舉辦了“技術創新與中國”、“社科論壇”、“民營經濟與中小企業板高層論壇”、“中國金融熱點問題高層論壇”等形式多樣的論壇與講座20多場次。先后邀請了中國社會科學院及國務院有關部委的專家、學者及香港有關專家先后來深，如李京文、文宗瑜、張宇燕、樊剛、徐雅萍、陳東琪、夏勇、白燁、羅肇鴻、張卓元、楊帆、李茂生、劉迎秋、陳文玲、李揚、王國剛、何亮亮等等專家、教授擔綱主講，在深引起了較大的社會反響，取得了良好的社會效益。